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【威尼斯电子游戏网站登录(中国)有限公司】揭秘下一代基因测序在生物医疗领域的五大应用

本文摘要:目前的下一代基因测序(NGS)市场,Illumina之后独占鳌头。自从发售HiSeqX测序平台以来,大幅度降低了基因测序的成本,即使是研究级全基因组测序的成本仍然平稳在1000美元左右。自此以后,这一水平的唯一竞争对手——华大基因的Revolocity测序仪也变得吃力。 这也引发了许多研究人员猜测,长此以往不会造成这一领域缺少竞争力,造成NGS的发展(最少在短链读者研究上)十分较慢。但令人欣慰的是,NGS在其他领域的应用于发展也十分迅速。

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目前的下一代基因测序(NGS)市场,Illumina之后独占鳌头。自从发售HiSeqX测序平台以来,大幅度降低了基因测序的成本,即使是研究级全基因组测序的成本仍然平稳在1000美元左右。自此以后,这一水平的唯一竞争对手——华大基因的Revolocity测序仪也变得吃力。

这也引发了许多研究人员猜测,长此以往不会造成这一领域缺少竞争力,造成NGS的发展(最少在短链读者研究上)十分较慢。但令人欣慰的是,NGS在其他领域的应用于发展也十分迅速。

  近日,GeneticEngineeringBiotechnologyNews对这些领域做到了一次盘点,笔者对主要内容展开了编译器。  1.长链读者技术  NGS在长链读者领域有极大的进展,说明了了基因组合mRNA的复杂性。

在基因组的分析过程中,主要的问题是处置反复序列的DNA。如果序列反复的长度要精于基本读者的长度,那么构建参照基因组的唯一同构就不会显得很艰难,甚至是不有可能。  无独有偶,基因mRNA的分析过程也面对某种程度的挑战。

“大多数基因包括了多个外显子,以至于mRNA的长度比读者范围的长度要长。”PersonalizedHealthcare的BrentonGravely博士回应:“因此,利用长链读者来准确无误的理解特定样品中不存在哪一种异构体,是不太可能的。

”  OxfordNanopore是一家倍受注目基因测序公司。去年春天,OxfordNanopore首度发售了基于纳米孔技术的测序仪MinION。

尽管后来OxfordNanopore延期了月公布的时间,但公司早已显然将它的技术推广到大众。目前,多达1000家研究团队用于是MinION测序仪。

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  在最初版本公布一年之内,通过对酶化学和纳米孔设计的一系列改良,MinION的生产量从严重不足1亿快速增长至多达10亿。从质量,产量和成本来看,MinION与Illumina还不存在一定差距,但OxfordNanopore的仪器却在两方面占有优势:读者长度和可移动性。  在使用者的报告中对系统出有,成千数万次读者中的平均值长度多达了10万。

DNA的输出质量和以备存储或许是容许读者长度的唯一确实的因素。也就是说,如果符合了输出质量和以备存储,就需要缩短读者长度。  同时,MinION还是一款可手执的测序仪,甚至可以在野外已完成数据搜集,不必须将处置后的样品送回实验室再行展开分析。一开始,数据质量相比之下高于Illumina,但经过改良,数据质量早已大幅提高。

近期的R9主打快捷模式,在理想环境下,测试的精度早已下降到95%。  太平洋生物是宽链读者测序的领导者,近年也是成果丰厚。去年美国人类遗传学会上,公司发布了一个新的平台---Sequel。这个平台是与罗氏合作开发的成果,比起之前的RSII,在各个方面都有提高。

  与RSII比起,Sequel的输入亲率更大,所占到空间将近之前2/3,成本也只必须之前的一半。仍然以来,太平洋生物科学公司都期望平台需要充分利用,解决问题化学和供应问题,尤其是对可消费的SMRT(singlemolecule,realtime)细胞。目前,这两个问题或许都以求解决问题,公司正在等候第一批客户分解的数据对系统。

  除了以上两家,行业内有影响力的还有GemCode的10XGenomics,可以从底层短链读者数据分解相连。尽管这项技术还不存在一些瑕疵,比如对于精于底层短链读者的反复片段起到并不大。但目前平台运作较好,今年早些时候还与Illumina签定了牵头营销协议,如果Illumina的Moleculosynthetic长链读者技术衰落,则协议开始生效。  尽管有所变革,但长链读者技术,尤其是基因mRNA测序,仍有问题仍急需解决。

“而其中一个问题就是目前这些平台的吞吐量,但更大的问题是,逆转录酶的间断性还过于。”Gravely博士说明道:“在RNA必要测序中,性能优越的逆转录酶可以带给相当大的转变。

”  令其mRNA研究人员激动的是,OxfordNanopore在最近公开发表的一篇论文中指出,他们于是以著手发售利用MinION必要测序RNA的商业试剂盒。


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